법인 부동산 세금 완전정리 — 법인 종부세·양도세 세율과 중과 구조, 절세 함정
법인으로 주택을 취득하면 법인 부동산 세금은 세 겹으로 쌓입니다. 취득 시 12% 중과(지방세법 제13조의2), 보유 시 법인 종부세 단일세율 2.7~5.0%에 기본공제·세부담상한이 모두 배제(종합부동산세법 제9조제2항제3호), 양도 시 법인세에 더해지는 토지등 양도소득 추가 20%(법인세법 제55조의2)가 순차로 발생합니다. 집사닷컴이 취득·보유·양도·청산 4단계를 현행 법령과 2026년 수치로 정리하고, 현장에서 반복되는 세 가지 함정을 짚습니다.
취득 단계 — 취득세 12% 중과 (지방세법 제13조의2)
법인이 주택을 유상으로 취득하면 지방세법 제13조의2에 따라 원칙적으로 취득세 12%가 적용됩니다. 농어촌특별세 1%·지방교육세 0.4%까지 더하면 실부담은 약 13.4% 수준입니다.
| 구분 | 개인(1주택, 6억 이하) | 법인 |
|---|---|---|
| 취득세율 | 1% | 12% |
| 농특세·지방교육세 포함 | 약 1.1% | 약 13.4% |
| 10억 취득 시 실납부액 | 약 1,100만원 | 약 1억 3,400만원 |
개인 1주택자 대비 약 12배, 개인 다주택자(8%) 대비 약 1.7배 수준입니다.
보유 단계 — 법인 종부세: 단일세율·공제 0원·상한 배제
법인 종부세가 개인과 결정적으로 다른 세 가지:
- 1단일세율 — 주택 수·가격에 무관하게 2주택 이하 2.7%, 3주택 이상(조정대상지역 2주택 포함) 5.0%가 첫 원부터 적용
- 2기본공제 0원 — 개인 9억(1세대 1주택 12억) 공제 없음
- 3세부담상한 배제 — 전년 대비 급증 제한 없음
2026년 공정시장가액비율 60% 기준, 공시가격 10억 아파트 1채 비교:
| 구분 | 개인(1세대 1주택) | 법인 |
|---|---|---|
| 기본공제 | 12억 | 0원 |
| 과세표준 | 0원 (공제 미달) | 10억 × 60% = 6억 |
| 적용세율 | 0.5~2.7% 누진 | 2.7% 단일 |
| 법인 종부세(개략) | 0원 | 약 1,620만원/년 |
공시가격 20억이면 약 3,240만원/년, 조정지역 3주택 이상이면 5.0%로 올라 약 6,000만원/년에 달합니다.
세율·공정시장가액비율은 매년 개정됩니다. 2026년 최신 고시는 국세청 홈택스(세금종류별 서비스 > 종합부동산세) 또는 기획재정부 고시에서 확인하세요.
양도 단계 — 법인 양도세: 법인세 + 추가 20%
법인이 주택을 팔면 양도차익이 법인세(과세표준 구간별 9~24%)에 합산되고, 여기에 추가로 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)에 따라 양도차익의 20%가 별도 부과됩니다. 미등기 양도는 40%.
법인 양도세 실효 부담 계산 예시 (과세표준 2억 이하 구간, 법인세율 9%):
| 항목 | 금액 (예시) |
|---|---|
| 주택 양도차익 | 3억원 |
| 법인세 (9%, 단순화) | 약 2,700만원 |
| 추가 과세 (양도차익의 20%) | 6,000만원 |
| 지방소득세 (법인세+추가의 10%) | 약 870만원 |
| 합계 실납부 | 약 9,570만원 |
| 실효세율 | 약 31.9% |
개인이 1세대 1주택 비과세나 장기보유특별공제(최대 80%)를 적용받으면 사실상 0~10%대인 것과 비교하면 격차가 매우 큽니다.
실무 사례 — 1인 법인으로 조정지역 아파트 2채, 3년 보유 후 양도
가장 흔한 상담 케이스: 대표자 100% 지분, 조정대상지역 아파트 2채(공시가 각 12억, 취득가 각 15억), 3년 보유 후 양도.
취득 시: - 채당 15억 × 13.4% ≒ 2억원 × 2채 → 취득세 합계 약 4억원
보유 연간 (법인 종부세): - 2채 합산 공시가 24억 × 60% = 과세표준 14.4억 - 조정지역 2주택 → 5.0% 단일세율 적용 - 연간 법인 종부세 약 7,200만원 (지방소득세 포함 약 7,920만원) - 3년 합계 약 2억 4,000만원
양도 시 (채당 차익 5억 가정): - 양도차익 합계 10억에 법인세 + 추가 20% 합산 - 실효세율 약 30~35% 구간 → 약 3억~3억 5,000만원
3년 합산 법인 부동산 세금 부담: 취득 4억 + 보유 2.4억 + 양도 3억+ = 최소 9억 이상
현장에서는 "법인이면 경비 처리가 유리하다"는 기대만으로 설립했다가, 이 수치를 뒤늦게 확인하고 취득 자체를 후회하는 사례가 반복됩니다. 임대등록을 해도 2020년 8월 이후 취득분은 법인 종부세 합산배제가 막혀 있다는 점이 특히 자주 간과됩니다.
청산·전환 단계 — 이중과세 함정
법인 부동산 세금은 '나갈 때'가 가장 위험합니다.
청산(해산) 시 간주배당
개인→법인 전환 (현물출자·양도)
자주 빠지는 함정 3가지
- 1"임대등록 = 법인 종부세 면제": 2020년 8월 18일이 분기점. 이후 취득분은 임대등록을 해도 합산배제 불가.
- 2"오피스텔은 취득세 중과 없다": 취득 시점 기준. 실거주 후 재산세가 주택분으로 바뀌면 종부세·양도 단계에서 주택으로 재분류.
- 3"법인세 9%니까 양도세가 낮다": 법인 양도세 추가 20%가 별도 가산돼 실효 30%+ 구조.
실행 체크리스트
취득 전 - [ ] 해당 부동산이 지방세법상 '주택'인지 확인 (건축물대장 용도·재산세 과세구분) - [ ] 조정대상지역 여부 확인 → 법인 종부세율 2.7% vs 5.0% 결정 - [ ] 공정시장가액비율 60% 기준 보유세 연간 부담 시뮬레이션 - [ ] 법인 양도세(법인세 + 추가 20%) 반영 세후 수익률 산정 - [ ] 배당·급여·청산 등 자금회수 경로별 세부담 사전 설계
보유 중 - [ ] 매년 공정시장가액비율·세율 개정 여부 확인 (국세청·기재부 고시) - [ ] 오피스텔 등 비주택 자산의 재산세 과세구분 변경 여부 모니터링
양도·청산 전 - [ ] 법인 청산 시 간주배당 세부담 사전 계산 - [ ] 전문가(세무사) 검토 후 청산·매각 시기 결정
예외·중과 배제 케이스
- 공공주택사업자: 취득세·법인 종부세 중과 배제
- 사원용 주택(기숙사): 요건 충족 시 중과 배제
- 임대사업자 등록 (2020.8.17 이전 취득): 법인 종부세 합산배제 가능 (이후 취득분 불가)
- 상가·토지 등 비주택: 주택 중과 체계와 다르게 적용. 동일하게 판단하면 오류.
자주 묻는 질문
Q. 법인 임대사업자로 등록하면 법인 종부세를 안 내나요? A. 아닙니다. 2020년 8월 18일 이후 취득한 주택은 임대등록을 해도 합산배제가 원칙적으로 적용되지 않아, 단일세율 2.7~5.0%·공제 0원·세부담상한 배제가 그대로 유지됩니다.
Q. 법인이 주택을 보유하면 무조건 불리한가요? A. 주택에 한해서는 취득·보유·양도 전 단계에서 사실상 불리합니다. 반면 상가·오피스빌딩 등 비주택 임대나 법인 고유 사업 목적 자산은 경비 처리·세율 구조상 유리한 경우가 있어 자산 유형별로 따져야 합니다.
Q. 법인 명의 주택을 대표 개인에게 넘기면 법인 양도세를 줄일 수 있나요? A. 오히려 법인 단계에서 법인세 + 추가 20%, 개인 단계에서 취득세 12%가 동시에 발생하고, 저가 이전이면 부당행위계산부인·증여의제까지 추가됩니다. 반드시 세무 전문가의 시뮬레이션 후 결정하세요.
Q. 법인 종부세·법인 양도세 세율이 바뀔 수 있나요? A. 예. 공정시장가액비율·세율 구간·추가세율은 정부 시행령·고시로 수시 개정됩니다. 2026년 기준(공정시장가액비율 60%, 추가세율 20%)은 과세연도가 바뀌면 달라질 수 있으므로, 국가법령정보센터 현행 법령 및 국세청 최신 고시를 반드시 확인하세요.
*본 글은 집사닷컴이 일반적인 정보 제공을 위해 작성한 것으로 법률·세무 자문이 아닙니다. 세율·공정시장가액비율·공제 기준 등은 수시로 개정되므로, 실제 의사결정 전 국가법령정보센터 현행 법령과 국세청·기획재정부 최신 고시를 확인하고 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.*